Die Abteikirche von Plankstetten wurde von 1129 – 1138 im romanischen Stil errichtet. 1180 wurde ein Gewölbe zwischen dem Turmpaar und dem Langhaus errichtet und so entstand die Westvorhalle, das sogenannte Paradies.

Von 1493 – 1495 wurde anstelle der romanischen Apsis ein gotisches 5/8-Polygon errichtet. Ab 1710 wurde die Kirche barockisiert, um 1727 wurden der Stuck und die Deckengemälde angebracht. 1887 wurden die Gemälde der Wandflächen des Mittelschiffs von O. Zacharius aus Regensburg geschaffen – möglicherweise als Erneuerung eines vorherigen Programms. Sie zeigen zwölf Darstellungen von Päpsten aus dem Benediktinerorden und in den Medaillons Szenen aus dem Leben des heiligen Benedikts.

1928/29 wurde der zehn Meter lange Chorraum eingebaut, so dass sich die Mönchsgemeinschaft zum Gebet um den Hauptaltar versammeln kann.

In unserer Abtei- und Pfarrkiche finden sich einige besondere Ausstattungstücke:

  • Hochaltar: stammt aus dem Jahr 1712, das Altarbild zeigt die beiden Kirchenpatrone Maria und den Evangelisten Johannes (1780 von Willibald Wunderer
  • Deckengemälde: Die fünf Deckengemälde zeigen (von vorn nach hinten): die Auffindung des hl. Kreuzes, die Glorie des hl. Benedikt, die Aufnahme Marias in den Himmel, den hl. Johannes auf der Insel Patmos und musizierende Engel
  • Rosenkranzaltar: er befindet sich im nördlichen Seitenschiff und wurde 1748 errichtet, neben der im Strahlenkranz thronenden Rosenkranzkönigin zeigt der Altar den hl. Dominikus und die hl. Katharina von Siena. Der Schrein enthält den Leib des hl. Märtyrers Vinzenz.
  • Benediktusaltar: er befindet sich im südlichen Seitenschiff und wurde 1748 errichtet, der Altar zeigt das Sterben des hl. Benedikt, er empfängt gestützt auf die Arme seiner Mitbrüder die heilige Kommunion und stirbt stehend. Der Schrein enthält den Leib des hl. Märtyrers Felix.
  • Heilig-Kreuz-Kapelle: sie befindet sich im südlichen Seitenschiff und wurde 1780 von Johann Jakob Berg aus Eichstätt geschaffen. Der Altar zeigt die Kreuzabnahme und unter den Kreuz zwei Personen: Maria Magdalena und der Jünger Johannes.

Beim Bau des Aufzuges unseres Gäste- und Tagungshauses (Ende der 1990er Jahre) und den archäologischen Ausgraben in den vergangenen Jahren kamen drei Skelette zum Vorschein. In der Kirche sind verschiedene Grabplatten in der Wand und auf dem Boden zu sehen. Diese Zeugnisse besagen, dass den Mönchen von Plankstetten die Kirche und der Kreuzgang als Begräbnisort dienten.

Der Mönch, der als erster in der neuen Gruft beigesetzt wurde, war P. Willibald Ran. Er starb am 11. April 1719. Die Gräber im ersten Gruftraum sind chronologisch angeordnet: Die ältesten Gräber befinden sich unten, die jüngsten oben. Eine Anzahl von Mönchen, die aufgrund der Säkularisation nicht im Kloster starben oder während in den beiden Kriegen fielen, sind außerhalb beerdigt worden.